Japan je ostrvska zemlja i proteže se duž istočne (pacifičke) obale Azije. Glavna ostrva od sjevera prema jugu su Hokkaido, Honshu, Shikoku i Kyushu. Osim njih, Japanski arhipelag obuhvata oko 3000 manjih ostrva.

Površina: 377.835 km² (uključujući 3.091 km² teritorijalnih voda)
Obala: 29.751 km
Najviši vrh: planina Fuji (3.776 m)
Najniža tačka: Hachiro-gata (-4 m)

Oko 73% zemlje je brdovito, s planinskim lancem koji se proteže preko glavnih ostrva.Kako je malo ravnica, mnoga brda i planinski obronci se obrađuju sve do vrha, a na svakoj većoj ravnici su se razvili važniji gradovi.Japan se nalazi u vulkanskoj zoni na Pacifičkom vatrenom krugu. Duž svih ostrva se osjećaju česta slaba podrhtavanja tla i povremene vulkanske aktivnosti.Razorni zemljotresi, čiji rezultat su često tsunamiji, događaju se nekoliko puta u sto godina. Najveći zemljotresi u zadnje vrijeme bili su Chuetsu 2004. godine i Veliki Hanshin potres 1955. godine. Mnogo je toplih izvora, koje su razvili u odmarališta