Japan ima umjerenu klimu i 4 izrazita godišnja doba, ali zbog velike udaljenosti od sjevera prema jugu klima varira od regije do regije. Krajnji sjever je zimi vrlo hladan, dok krajnji jug ima suptropsku klimu. Na klimu osim toga uticu sezonski vjetrovi koji duvaju sa kontinenta prema okeanu zimi i u suprotnomsmjeru ljeti.Kasni juni i rani juli su kišni period(osim u Hokkaidu), kada se nad Japanom nalazi sezonska kišna fronta (baiu zensen). U kasno ljeto i ranu jesen se iz tropskih područja niskog pritiska iznad ekvatora razvijaju tajfuni i prolaze od jugozapada prema sjeveroistoku, često donoseći obilne kiše.Geografska razlicitost

Japana ga dijeli u 6 glavnih klimatskih područja:
 
Hokkaido: Ima umjerenu klimu s dugim, hladnim zimama i svježim ljetima. Padavine nisu obilne, ali se zimi na ostrvima obično nakupi dosta snijega.
 
Japansko more: Sjeverozapadni vjetar zimi donosi puno snijega. Ljeti je regija hladnija od pacifičkog područja, ali su ponekad temperature ekstremno visoke zbog fenomena fena, toplog vjetra.
 
Središnje visoravni (Chuo-Kochi): Tipična kontinentalna klima, s velikim temperaturnim razlikama između ljeta i zime te između dana i noći. Nema puno padavina.
 
Seto unutrašnje more (Seto-naikai): Planine u Chugoku i Shikoku regijama zaustavljaju sezonske vjetrove, time stvarajući lijepo vrijeme kroz cijelu godinu.
 
Tihi okean: Ima hladne zime s malo snijega i vruća, vlažna ljeta zbog jugoistočnog sezonskog vjetra.
 
Nausei-shoto (Ryu Kyu): Ima suptropsku klimu s toplim zimama i vrućimljetima. Padavine su obilne, posebno u kišnoj sezoni. Česti su tajfuni;